Stupanjem na snagu II. Akcijskog program zaštite voda od onečišćenja uzrokovanog nitratima poljoprivrednog podrijetla (NN 60/2017) prestaje važiti I. Akcijski program zaštite voda od onečišćenja uzrokovanog nitratima poljoprivrednog podrijetla (NN 15/13, 22/15).
Ovaj Program stupa na snagu 1. srpnja 2017. i donosi se za razdoblje od četiri godine od dana stupanja na snagu.
Razlika u odnosu na I. Akcijski program zaštite voda od onečišćenja uzrokovanog nitratima poljoprivrednog podrijetla, je da u tijeku jedne kalendarske godine poljoprivredno gospodarstvo može gnojiti poljoprivredne površine stajskim gnojem do granične vrijednosti primjene dušika od 170 kg/ha dušika (N) te da je završilo prijelazno razdoblje za izgradnju odgovarajućih spremnika za skladištenje i zbrinjavanje stajskog gnoja.
Sukladno navedenom, od 1. srpnja 2017. g. spremnici za skladištenje i zbrinjavanje stajskog gnoja svojom veličinom zadovoljiti prikupljanje stajskog gnoja za šestomjesečno razdoblje.